Од почетокот таа е организирана по принципот на хоризонтална структура, во која сите членови се еднакви и имаат исти права и обврски, со тоа што администрирањето го врши Агенцијата за аудио и аудиовизуелни услуги.
Во 2019, со цел да се унапреди функционирањето на Мрежата, а сепак да се задржи хоризонталната структура, низ дебата меѓу членките беа формирани три работни групи и беа избрани Координативна група и координаторка. За координаторка на Мрежата беше избрана Емилија Петреска-Камењарова. Во 2021 е реизбрана за координаторка на Мрежата со мандат од две години.
Во декември 2021 година, Мрежата за медиумска писменост формираше уште една работна група за Филмска Писменост.
Четирите работни групи во кои зачленувањето е доброволно, се: